Minimap2（CentOS7.6 鲲鹏） 鲲鹏

Minimap2是一种​​多功能序列比对程序，可将DNA或mRNA序列与大型参考数据库对齐。
Minimap2是知名比对工具BWA的开发者Li Heng新开发的比对工具，它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上。
Minimap2是一种​​快速的序列作图和比对程序，可以发现长噪声读数之间的重叠，或将长读数或其装配映射到参考基因组，并进行详细比对（例如CIGAR）。目前，它可以有效处理长度从几千个碱基到约100兆碱基的查询序列，错误率约为15％。Minimap2以PAF或SAM格式输出。在有限的测试数据集上，minimap2的速度比大多数其他长读取定位器快20倍以上。它将代替BWA-MEM进行长时间读取和重叠群对齐。
Minimap2是minimap的后继者。它采用了类似的基于极小的索引和播种算法，并改善了与homopolyer压缩的k聚体的原始小地图（见SMARTdenovo和longISLND），更好地链接并能够快速扩展对准农产品CIGAR（见libgaba和ksw2）和分段仿射差距成本。
minimap2的主要思想是：首先将基因组序列的minimizer存储在哈希表中(minimizer指一段序列内最小哈希值的种子)；然后对于每一条待比对序列， 找到待比对序列所有的minimizer，通过哈希表找出其在基因组中的位置， 并利用chaining算法寻找待比对区域；最后将非种子区域用动态规划算法进行比对，得到比对结果。minimap2方法只对最小哈希值的种子进行存储，可有效降低时间复杂度。