Miniasm（CentOS7.6 鲲鹏） 鲲鹏

Miniasm是一种非常快速的基于OLC的从头汇编程序，用于嘈杂的长时间读取。它以全对全读取自映射（通常通过minimap）作为输入，并以GFA格式输出组装图。与主流汇编程序不同，miniasm没有共识步骤。它简单地连接多条读取序列以生成最终的单位 序列。因此，每碱基错误率类似于原始输入读取。

到目前为止，miniasm处于早期开发阶段。仅在十几个PacBio和Oxford Nanopore（ONT）细菌数据集上进行了测试。包括定位步骤在内，组装细菌基因组大约需要3分钟。
对于秀丽隐杆线虫 PacBio数据集（仅使用40X，而不是整个数据集），miniasm使用16个CPU在约10分钟内完成了组装，包括重复的读取。组件总大小为105Mb；N50为1.94Mb。相比之下，HGAP3生产的104Mb组件的N50为1.61Mb。该点状图给出了最小装配（在X轴上）和HGAP3装配（在Y轴上）的整体视图。它们大致可比。当然，HGAP3共有序列更加准确。此外，在整个数据集（约30分钟内完成）中，miniasm N50降至1.79Mb。Miniasm仍然需要改进。

Miniasm确认，至少对于高覆盖率的细菌基因组，可以从原始PacBio或ONT读数生成长重叠群，而无需进行错误校正。它还显示了minimap可以用作读取重叠器，尽管它可能不如MHAP和DALIGNER等更复杂的重叠器敏感。结合长期使用的纠错器和共识工具，最小化可能也可用于生产高质量的装配体。