CANU（CentOS7.6 鲲鹏） 鲲鹏

CANU是一个用JAVA语言写的三代数据组装工具。CANU源于celera Assembler，现在celera Assembler不在更新。canu专门用于三代这种错误率较高的测序的结果进行组装。
CANU延续了celera Assembler工具的组装原理，采用Overlap-Layout-Consensus，也就是得到序列与序列之间的交叠进行的组装。
CANU分为三个步骤：纠错，修整和组装。
CANU的特点：Canu支持断点运行，允许从系统中断或其他它常终止中断点运行。每次重新启动Canu时，它都会检查程序集目录中的文件，以决定下一步该做什么。Canu具有智能的检测功能。Canu能根据当前服务器所有可用的资源，自动检测计算资源并扩展调整自身参数的配置。
CANU参数说明:
genomeSize：设置预估的基因组大小，这用于让Canu估计测序深度；
maxThreads：设置运行的最大线程数；
rawErrorRate：用来设置两个未纠错read之间最大期望差异碱基数；
correctedErrorRate：则是设置纠错后read之间最大期望差异碱基数，这个参数需要在 组装 时多次调整；
minReadLength表示只使用大于阈值的序列，minOverlapLength表示Overlap的最小长度。提高minReadLength可以提高运行速度，增加minOverlapLength可以降低假阳性的overlap;
corOutCoverage: 用于控制多少数据用于纠错；
correctedErrorRate：设置序列的错误率；